Αθώους για το σύνολο των πράξεων που τους αποδίδονταν έκρινε το Τριμελές Πλημμελειοδικείο Ιωαννίνων τον πατέρα Αντώνιο Παπανικολάου, ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου», την πρώην διευθύντρια της δομής στα Ιωάννινα, Ανδριανή Θεοδωρακοπούλου, και τον παιδαγωγό Πασχάλη Σκορδά.
Η απόφαση εκδόθηκε έπειτα από πολύμηνη ακροαματική διαδικασία και ήταν σύμφωνη με την εισαγγελική πρόταση, καθώς, σύμφωνα με τους συνηγόρους υπεράσπισης, δεν αποδείχθηκαν οι κατηγορίες. Η υπόθεση αφορούσε καταγγελίες για τη μεταχείριση ανηλίκων που φιλοξενούνταν σε δομή της οργάνωσης.
Η πρώην διευθύντρια κατηγορούνταν για σωματική βλάβη ανηλίκων, παράνομη κατακράτηση και παράνομη βία, ενώ ο παιδαγωγός για σωματική βλάβη ανηλίκων. Στον πατέρα Αντώνιο αποδιδόταν ηθική αυτουργία στις συγκεκριμένες πράξεις.
Μετά την ανακοίνωση της απόφασης, ο πατέρας Αντώνιος εξέφρασε την ικανοποίησή του, τονίζοντας ότι η δικαίωση του έργου της «Κιβωτού του Κόσμου» αποτελεί για τον ίδιο τη μεγαλύτερη ανταμοιβή. Όπως δήλωσε, αισθάνεται ευγνωμοσύνη για τη συμπαράσταση που δέχθηκε από πολίτες τα προηγούμενα χρόνια, ενώ ευχαρίστησε τη Δικαιοσύνη για την έκβαση της υπόθεσης.
Οι συνήγοροι υπεράσπισης χαρακτήρισαν την απόφαση δικαίωση των εντολέων τους, υποστηρίζοντας ότι οι κατηγορίες δεν επιβεβαιώθηκαν κατά τη δικαστική διαδικασία. Παράλληλα, άσκησαν κριτική στη δημόσια αντιμετώπιση των κατηγορουμένων πριν από την ολοκλήρωση της δίκης, επισημαίνοντας ότι δεν έγινε σεβαστό το τεκμήριο αθωότητας.
Οι δικηγόροι κάλεσαν, επίσης, τα μέσα ενημέρωσης να προβάλουν την αθωωτική απόφαση με ανάλογη έκταση και δημοσιότητα με εκείνη που είχε δοθεί στην υπόθεση κατά την άσκηση της ποινικής δίωξης.
Η απόφαση αφορά αποκλειστικά τις κατηγορίες που εξετάστηκαν στη συγκεκριμένη δίκη στα Ιωάννινα και δεν ταυτίζεται με άλλες δικαστικές διαδικασίες που σχετίζονται με την «Κιβωτό του Κόσμου».
