Βασική τελετουργία της ημέρας των Θεοφανείων είναι ο «αγιασμός των υδάτων» με τη κατάδυση (ρίψη) του Σταυρού κατά μίμηση της Βάπτισης του Θεανθρώπου.
Στην ελληνική εθιμολογία όμως, ο εν λόγω Αγιασμός έχει και την έννοια του καθαρμού, του εξαγνισμού των ανθρώπων καθώς και της απαλλαγής του από την επήρεια των δαιμονίων.
Η τελευταία δε αυτή έννοια δεν είναι ασφαλώς αυστηρά χριστιανική, αλλά έχει ρίζες στην αρχαία λατρεία.
Στα περισσότερα μέρη της Ελλάδας ο αγιασμός γίνεται για πρώτη φορά (στις μέρες αυτές) τη παραμονή των Θεοφανείων που λέγεται «μικρός αγιασμός» ή «Πρωτάγιαση» ή «Φώτιση».
Με τη πρωτάγιαση ο ιερέας γυρίζει όλα τα σπίτια και με το Σταυρό και ένα κλωνί βασιλικό «αγιάζει» ή «φωτίζει» (ραντίζει) τους χώρους των σπιτιών. Η πρωτάγιαση είναι και το αποτελεσματικό μέσο με το οποίο τρέπονται σε άγρια φυγή οι καλικάντζαροι εκτός από το άναμμα μιας μεγάλης υπαίθριας φωτιάς.
Ο Μεγάλος όμως Αγιασμός γίνεται ανήμερα των Θεοφανείων εντός των Εκκλησιών σε ειδική εξέδρα στολισμένη επί της οποίας φέρεται μέγα σκεύος γεμάτου ύδατος.
Στη συνέχεια γίνεται η κατάδυση του Σταυρού στη Θάλασσα ή σε γειτονικό ποταμό ή λίμνη ή και στην ανάγκη σε δεξαμενή (όπως στην Αθήνα). Η κατάδυση του Σταυρού, κατά τη λαϊκή πίστη δίνει στο νερό καθαρτικές και εξυγιαντικές ικανότητες.
