Στις 18 Ιανουαρίου 1823, το Ναύπλιο ορίστηκε έδρα της κυβερνήσεως, η οποία εγκαταστάθηκε εκεί τον Ιούνιο του 1824, και τις 4 Μαΐου 1827, με απόφαση της γ΄Εθνοσυνέλευσης, «καθέδρα» της κυβέρνησης.
Το πρώτο Φύλλο της Εφημερίδα της Κυβερνήσεως τυπώθηκε στο Ναύπλιο τις 22 Σεπτεμβρίου 1825.
Το εκτελεστικό στεγάστηκε στο κονάκι του Αγά Πασά και το βουλευτικό στον τεκέ του Αγά Πασά.
Η επιλογή του Ναυπλίου ως πρωτεύουσα έγκειται στο γεγονός ότι ήταν παραθαλάσσιο, και θα μπορούσε να ανεφοδιαστεί δια θαλάσσης σε περίπτωση πολιορκίας.
Επίσης, ήταν κοντά στις Σπέτσες και στην Ύδρα και μπορούσε να ελέγχει αρκετές περιοχές της Πελοποννήσου και θαλάσσιες διαδρομές.
Η έδρα της κυβέρνησης μεταφέρθηκε προσωρινά στην Αίγινα από τον Αύγουστο του 1827 μέχρι τις 3 Μαρτίου 1829 για λόγους ασφαλείας, αλλά η καθέδρα παρέμεινε στο Ναύπλιο.
Ο μουσουλμανικός πληθυσμός του έφυγε, εκτός από κάποιους αιχμάλωτους αξιωματούχους.
Οι οχυρώσεις, τα άδεια σπίτια και η ασφάλεια που προσέφερε οδήγησαν το Ναύπλιο να γίνει δέκτης μεγάλου αριθμού προσφύγων, ιδίως μετά την απόβαση του Ιμπραήμ Πασά και την πτώση του Μεσολογγίου το 1826, οδηγώντας το σε κατάσταση υπερπληθυσμού.
Ο μεγάλος πληθυσμός, οι κακές συνθήκες υγιεινής, το κοντινό έλος, η έλλειψη πόσιμου νερού συνέβαλαν στην εμφάνιση επιδημιών πανώλης και ελονοσίας.
Οι πρόσφυγες αποχώρησαν από το Ναύπλιο τα επόμενα χρόνια και το 1829, το Ναύπλιο αριθμούσε 5.550 κατοίκους, σύμφωνα με στοιχεία γαλλικής αποστολής, ενώ το 1853 3.435 κατοίκους.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας αποβιβάστηκε στο Ναύπλιο τις 8 Ιανουαρίου 1828. Το 1829 κτίστηκε το ανάκτορο του κυβερνήτη.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας δολοφονήθηκε τις 9 Οκτωβρίου 1831 από μέλη της οικογένειας Μαυρομιχάλη μπροστά στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα στο Ναύπλιο.
Η χώρα βυθίστηκε σε περίοδο αναρχίας μέχρι την άφιξη του βασιλιά Όθωνα, ο οποίος αποβιβάστηκε στο Ναύπλιο τις 25 Ιανουαρίου 1833.
Με τη μεταφορά της πρωτεύουσας το 1834 στην Αθήνα, το Ναύπλιο μετατρέπεται σε μια τυπική επαρχιακή πόλη.
Το Εθνικό Τυπογραφείο δημιουργήθηκε από το 1821, αφού οι ανάγκες για έντυπη μορφή των αποφάσεων και διαταγμάτων ήταν πολύ μεγάλη. Ο Όθωνας, κατά την βασιλεία του, μετέτρεψε το τυπογραφείο σε κρατικό το 1833, με τον τίτλο «Βασιλικόν Τυπογραφείον».
Το εθνικό τυπογραφείο μεταφέρθηκε το 1834 στην Αθήνα.
Η πρώτη Βουλή των Ελλήνων
Σήμερα, χρησιμεύει ως συνεδριακός χώρος ενώ στο ισόγειό του λειτουργεί η Δημοτική Πινακοθήκη.
Οι πρώτες θεατρικές παραστάσεις
Η πρώτη σχολή Ευελπίδων
Οι πρώτοι οκτώ Ανθυπολοχαγοί Πυροβολικού αποφοίτησαν το 1831, στους οποίους φόρεσε τις επωμίδες ο ίδιος ο Καποδίστριας και ήταν ο πρώτος, που τους ονόμασε «Ευέλπιδες».
Το πρώτο Γυμνάσιο
Το αναπαλαιωμένο κτίριο της πλατείας Τριών Ναυάρχων, όπου σήμερα στεγάζεται το Δημαρχείο της πόλης, έχει μακρά και ενδιαφέρουσα ιστορία. Κτίστηκε το 1857 για να στεγάσει το Γυμνάσιο του Ναυπλίου. Το κτίριο του Γυμνασίου αρχικά ήταν μονόροφο ενώ το 1893 προστέθηκε και δεύτερος όροφος, προκειμένου να στεγαστεί εκεί και το Ελληνικό Σχολείο. Τότε το Γυμνάσιο μετακόμισε στον πρώτο και δεύτερο όροφο, ενώ το Ελληνικό Σχολείο στεγάστηκε στο ισόγειο. Το 1953 το Γυμνάσιο μεταφέρθηκε σε καινούριο κτίριο στην οδό Αμαλίας (και λειτουργεί έως σήμερα) και το κτίριο εγκαταλείφθηκε.
Σήμερα, στεγάζεται το Δημαρχείο της πόλης.
Το πρώτο Φαρμακείο
Βρίσκεται στην Πλατεία Τριών Ναυάρχων αλλά δυστυχώς μόνο μια επιγραφή μαρτυρά την ιδιότητά του. Εδώ, ταριχεύθηκε η σωρός του Ιωάννη Καποδίστρια από τον ιδιοκτήτη του φαρμακείου, τον Ιταλό Φιλέλληνα, Mπονιφάτσιο Mποναφίν.
Η πρώτη εισαγωγή της πατάτας
